本系成立於民國58年,是本校創校原始科系之一,其目的在培育優秀電子工程專業人才,為國家提昇電子產業的人力素質;成立初期設立二年制專科部,民國61年增設五專部,民國71年增設二專夜間部;民國85年7月,本校因辦學績優升格改制為技術學院,本系也改制為「電子工程技術系」,開始招收二技部學生;86學年度進一步增設四技部;民國88年8月教育部核准本校改名為「南台科技大學」,配合政府的政策全面停招專科部,專辦大學部二技及四技,隨後於民國89年成立「電子與資訊工程研究所」招收碩士班,並於民國90年成立全國唯一的「海外實習碩士專班」,期能邁向國際化並往一流學系邁進。民國91年本系資訊工程組獨立成立資訊工程系,「電子與資訊工程研究所」也配合改名為「電子工程研究所」,民國92年本系成立「電子工程研究所博士班」,是國內技職體系除國立台灣科技大學外,第一個榮獲教育部核定成立博士班的系所,足見本系在高等教育的成就與研發能量受到教育部的高度肯定,因此同年教育部在本校成立「積體電路設計與應用技術研發中心」,積極培育晶片設計相關人才。民國95年增設「通訊工程研究所」碩士班,成為一系多所的系所;民國95年至今,本校辦學更積極、成效更豐碩,屢獲教育部「教學卓越計畫」補助,每年補助金額都名列前茅,民國101年更獲選為「典範科技大學」,同年本系也投資近3,200萬元成立「光電與積體電路故障分析中心」,提供產、學界優質的專業技術服務。